À partir de 1800, Napoléon fait de l’église une nécropole militaire, où reposent les corps des militaires les plus célèbres. Il y transfère la dépouille du maréchal Turenne et le cœur de Vauban. Dans son testament, l’empereur, en exil sur l’île Sainte-Hélène, écrit : "Je désire que mes cendres reposent sur les bords de la Seine au milieu de ce peuple français que j’ai tant aimé."
En 1840, le retour des cendres de Napoléon Ier est un symbole très fort : il s’agit de justifier le bien-fondé de l’empereur dans l’Histoire.
Ce geste politique a pour conséquence des modifications importantes dans la chapelle : une crypte circulaire est creusée sous le rez-de-chaussée pour accueillir un sarcophage monumental en quartzite rouge. L’atmosphère de cette pièce, dominée par des marbres de couleur sombre, surveillée par 12 figures féminines (des “Victoires”), est solennelle.