La croisée du transept se situe à l’intersection du transept et de la nef, soit des deux branches de la croix qui donne son plan à l’église. Elle fait le lien entre le chœur et la nef.
La croisée du transept est souvent surmontée par une voûte en coupole qui permet de voûter de grands espaces carrés. Mais les bâtisseurs peuvent aussi y créer un puits de lumière. La tour lanterne des grandes églises comporte alors des ouvertures éclairant la croisée et le chœur.