La basilique est le cœur de l’Escurial. Entre l’exécution des premiers dessins en 1561 et le début de la construction en 1575, le projet, particulièrement ambitieux, n’a cessé d’être modifié. Aidé par ses architectes, le roi Philippe II cherchait à créer un nouveau type d’église, typiquement espagnole et se démarquant des modèles italiens.
Au premier niveau, les statues de six rois de l’Ancien Testament sont posées sur d’énormes piliers. De gauche à droite, on reconnaît Josaphat, Ezéchias, David, Salomon, Josias et Manassé. L’intérieur de la basilique est sans doute l’un des plus solennels et des plus beaux espaces de la Renaissance : tandis que la cour des Rois et la façade de la basilique s’imposent par leur sobriété, l’église se caractérise par sa grande richesse décorative. Surélevé par rapport à la nef telle une scène de théâtre, le sanctuaire est orné des matériaux les plus précieux : la topaze, le jaspe, l’or, l’émail, l’émeraude… Le regard se dirige inévitablement vers le retable au fond du sanctuaire, qui doit être vu de loin et prend toute la hauteur du chevet. L’architecture devient dès lors une véritable expérience, au sens physique du terme.