Le jardin a évolué avec le temps ; une partie des pins sylvestres disparaissaient, brisés par la tempête de 1999, d’autres arbres ont transformé la physionomie primitive du jardin dans lequel de nombreuses espèces sont apparues sans intervention humaine (merisiers, peuplier tremble, sorbier des oiseleurs, noisetier...). Les champignons aussi apprécient particulièrement cette "forêt".
Le jardin est visité par de nombreux oiseaux qui viennent s’y reposer lors de leur migration d’automne. Mais il remporte un trop grand succès auprès des étourneaux ou pigeons ramiers qui l’ont adopté comme dortoir lors de leur migration hivernale. Dans l’attente de l’arrivée spontanée d’un couple de faucons pèlerin (leurs prédateurs naturels, attirés par les nichoirs installés spécialement à leur intention sur le toit de l’une des tours), la BnF a du solliciter les compétences d’un fauconnier pour effrayer les quelques 25 000 étourneaux qui regagnaient parfois le jardin à la tombée de la nuit.