En 1347, le port de Marseille est frappé par la peste noire qui vient de Chine. La pandémie va durer près de trois siècles en tout. Elle se déplace en suivant les routes commerciales, touche toutes les régions de France et se fait particulièrement meurtrière dans les villes.
La peste tue environ 25 millions de personnes entre 1347 et 1353, soit entre un quart et la moitié de la population de l’époque. Les foyers de maladie se déplacent en Europe pendant trois siècles. Elle touche successivement l’Italie (Venise, 1575-1577), les Pays-Bas (Nimègue, 1635), l’Angleterre (Londres, 1665) ou la France (Lyon en 1628 et Marseille de nouveau en 1720). La peste noire n’est totalement éradiquée que vers le milieu du ^19e siècle.
La violence de la maladie explique en partie pourquoi le 14^e siècle est considéré comme 1^er siècle des crises. La culture occidentale du Moyen Âge reste marquée par cette pandémie : dans les arts, les thèmes macabres se multiplient, et la peur de la fin du monde comme punition divine (l’apocalypse) se propage.