Le XIII^e siècle est le théâtre d’une guerre religieuse qui oppose les catholiques aux Cathares. Secte religieuse née dans le nord de l’Italie vers l’an 1000, le catharisme est considéré comme une hérésie par le pape Innocent III. En effet, ses adeptes observent un dogme rigoureux fondé sur le retour à l’Évangile, et refusent les sacrements et les enseignements de l’Église catholique. Après des négociations difficiles avec le comte de Toulouse, le pape appelle à la croisade contre les "Albigeois", du nom de la ville d’Albi. C’est la première croisade contre des croyants se réclamant du Christ. Le premier grand affrontement a lieu à Béziers en 1209 : la ville est mise à sac et les Cathares massacrés. Rapidement, la croisade se double d’un conflit politique entre les seigneurs occitans et ceux du Nord. En effet, 300 000 hommes arrivent du nord de la France pour participer à la croisade, attirés par les richesses de la région.
La croisade prend fin en 1229, après de nombreux massacres mais sans que le catharisme ne disparaisse. En 1233, l’Église crée l’Inquisition, une institution judiciaire chargée de lutter contre les hérésies. En France, le pays occitan s’en trouve transformé. Le comte de Toulouse qui était jusqu’alors indépendant devient vassal du roi de France, qui étend ainsi son contrôle sur la région et notamment sur Carcassonne.